档案馆是学校档案工作的职能管理部门，又是永久保存和提供利用本校档案的信息中心。山东大学档案馆为处级建制，直属校长领导；西校区和南校区分别设综合档案室，为科级建制，是档案馆的分支机构，受档案馆馆长领导；档案馆内设业务指导部、信息管理部、综合部和校史办公室四个科级管理部门。档案馆负责主管、保存全校党群、行政、教学、科研、产品生产和科技开发、基建、设备、出版物、外事、财会、声像、医疗等各类档案。档案馆负责威海分校、各附属医院综合档案室的业务领导。
目前，我校档案馆设馆长一人，副馆长两人；专职档案工作人员25人，其中研究员3人，副研究员8人，馆员11人。具有大专以上学历的22人，研究生2人,在读研究生3人。学校档案工作实行部门立卷制度，现有立卷单位76个，兼职档案员130人。
　　学校档案工作坚持贯彻依法治档，规范管档，强化建档，丰富馆藏的指导思想和“三纳入”“四同步”管理的基本原则，档案工作制度建设以《中华人民共和国档案法》及其《实施办法》、《普通高等学校档案管理办法》和《山东省档案条例》等为准绳，结合学校实际，先后制定、修订、颁发了《山东大学档案管理办法》、《山东大学关于进一步加强档案工作管理网络建设的意见》、《山东大学部门文件材料归档范围》、《山东大学部门立卷的基本要求》《山东大学学位档案管理暂行办法》、《山东大学科研项目档案管理暂行规定》、《山东大学设备项目档案管理暂行办法》、《山东大学档案工作规范》和《山东大学档案实体分类方案》、《山东大学档案全宗规范》、《山东大学档案保密制度》、《山东大学档案查、借阅制度》、《山东大学档案鉴定、销毁制度》、《山东大学档案统计制度》、《山东大学档案库房管理制度》及《山东大学档案馆公约》等一系列档案工作规章制度。通过制度建设，进一步明确了各级各部门分管档案工作的领导职责和专兼职档案工作人员的岗位职责，理顺了档案工作关系，规范了档案工作管理，基本形成学校档案工作有法可依，部门立卷有章可循，档案工作依法开展的局面。
　　我校档案馆馆库按国家建筑设计规范建设，馆库总建筑面积为3566平方米，其中档案库房面积为1866平方米，档案阅览室108平方米，业务与办公用房1592平方米。档案库房已安装密集架133组，空调11台，去湿机10台、消毒器2台等设备。
　　我校馆藏档案时限达一个世纪，内容丰富，是近代高等教育发展历程的真实反映。截止2001年6月底，档案馆保存有：《建国后山东大学全宗》、《建国前山东大学汇集全宗》、《华东大学全宗》、《齐鲁大学医学院全宗》、《山东省立医学院全宗》、《山东医科大学卫生学校全宗》、《山东医科大学全宗》、《山东工业大学全宗》和《山东大学全宗》等九个全宗，档案总计84408卷(盒)，排架长度为1552米；照片档案6584张，录音、录像、影片档案1091张，底图475张；资料3695册。其中，1947年至2000年文书档案为1814卷，资料3695册；1949年至2000年科技档案为38286卷，底图475张；1965年至2000年财会档案22254卷；保存1901年至2000年教学档案16494卷；1980年至2000年磁带873盘；1990年至2000年光盘19张。我校馆藏档案，1994年以前实行年度-组织机构分类法，1994年以后按照〈高等学校档案实体分类法〉分类保管。
　　我校馆藏珍贵档案、资料有：1901年（光绪二十七年）山东巡抚袁世凯陈奏开办山东大学堂奏折（复制件）；山东省试办大学堂章程；清廷内阁上谕，通令各省仿照山东大学堂试办章程兴办学堂；1905年毕业生文凭（执照）；1911年齐鲁大学医学院学生学籍登记等珍贵的教学档案；解放前师生（包括罗荣桓等）进行反帝反封建活动的材料以及抗日战争和解放战争中师生转战南北，坚持办学的档案；山东大学、山东医科大学、山东工业大学更名、停办、重建、合校、搬迁、院系调整等变革时期的文件材料；接待各国著名学者等国际交往的材料；荣获国家级，省部级奖励的科技成果材料；荣获国家教委，山东省教委优秀教学成果奖励材料；著名校友老舍、童第周、臧克家等在校执教、学习的材料；毛泽东给高亨教授的亲笔信（影印件），江泽民总书记、李鹏委员长、聂荣臻元帅、杨得志、张爱萍、胡乔木、伍修权等党和国家领导人来校视察的照片和亲笔题词等重要文献。
　　为方便档案的利用，从校区分布的现实出发，《建国后山东大学全宗》、《建国前山东大学汇集全宗》、《华东大学全宗》和《山东大学全宗》的各类档案保存在东校区库房，《齐鲁大学医学院全宗》、《山东省立医学院全宗》、《山东医科大学卫生学校全宗》、《山东医科大学全宗》的各类档案保存在西校区库房，《山东工业大学全宗》的各类档案保存在南校区库房，分别由信息管理部、西校区综合档案室、南校区综合档案室负责提供利用服务。
　　为开发档案信息，我馆编制了各种检索工具171 册，并逐步将案卷级和文件级档案信息输入电子计算机管理，已有机读案卷级目录37076条，文件级目录5280条。“山东大学学生中、英文成绩管理软件”已正式投入运行。学校及档案馆充分利用馆藏档案，先后编辑出版了《山东大学百年校史》及校史展览、画册、影片等（含《山东大学史》、《山东医科大学史》、《山东工业大学史》），《山东大学档案馆全宗指南》，《山东大学大事记》（1901-1990），《山东大学英才录》，《山东大学教授名录》，《山东大学组织机构沿革》，《山东大学年鉴》，《山东大学研究生学位论文题录》，《山东大学科技档案目录》，《山东医科大学处级干部任免一览表》（1991-2000），《山东医科大学研究生论文题录》（1978-1998），《山东医科大学规章制度》（第一集、第二集）等。另外还汇编了各种档案资料，如 “大事记汇编”、“校庆材料汇编”、“基础数据统计汇编”等。档案已经成为学校教学、科研、管理等各项工作不可缺少的信息资源。据不完全统计，来馆查阅档案者，每年平均在3000人次以上，年平均调用各类档案10000余卷（盒）。其中学籍、学位、招生、毕业分配等教学档案，任免、机构设置、职称聘任等文书档案，基建、科研项目等科技档案利用率较高。档案、资料的历史价值在高等学校办学中越来越得以充分展现，并取得显著社会效益。档案馆是学校的信息中心之一。